利用脈動真空滅菌器進行消毒可基本劃分為以下階段：預熱、脈動、升溫、滅菌、排氣、干燥。工作時先利用真空泵強制把滅菌容器內抽成負壓，排出冷空氣，然后將飽和地熱蒸氣迅速輸送到各物品內部進行滅菌。在預先設定的脈動次數后，脈動真空滅菌器內部繼續輸人高溫飽和蒸汽，當容器內壓力與溫度都達到預設值時開始滅菌并啟動計時，滅菌結束后真空泵排干水蒸氣進行干燥。經過工藝技術的迭代更新，最新生產的脈動真空滅菌器已經具備一系列顯著優點：

１）機械強制脈動真空的運作方式可使空氣排除量達到９９％以上，排除溫度死角和“小裝量效應”。

２）通過雙扉設計實施普通環境與ＳＰＦ（ＳｐｅｃｉｆｉｃＰａｔｔｉｏｇｅｎＦｒｅｅ，無特定病原體）區域的有效隔離，滿足ＧＬＰ實驗室（ＧｏｏｄＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒａｃｔｉｃｅ）的規范要求。

３）觸摸屏控制增強了滅菌過程的直觀性、可視性。滅菌過程的系列參數可實時顯示、隨時儲存。

４）采用電動升降和壓縮氣密封技術設計的密封門減輕了操作者開關門的勞動強度，也保證了環境密封的可靠度.