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長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠SSR位點(diǎn)的篩選與擴(kuò)增-水浴鍋使用

返回列表 來源:未知 發(fā)布日期:2019-10-24 10:14【

1991 年,MOORE 等提出了微衛(wèi)星 DNA(Microsatellite DNA)的概念,即 SSR(Simple Sequence Repeats)位點(diǎn),是一類由 1~6 個(gè)核苷酸為重復(fù)單位 組成的長(zhǎng)達(dá) 200~800 bp 的核苷酸串聯(lián)重復(fù)序列。 微衛(wèi)星位點(diǎn)中大量重復(fù)的部分很可能存在變異,變 異會(huì)表現(xiàn)為數(shù)目的整倍性不同或序列的不完全相 同,因而造成位點(diǎn)的多態(tài)性。而揭示這些變異,進(jìn)而 發(fā)現(xiàn)不同的 SSR 在不同的種甚至不同個(gè)體間的多 態(tài)性,是 SSR 標(biāo)記技術(shù)的目的。

1 材料和方法

1.1 試驗(yàn)材料

1.1.1 動(dòng)物材料

在野外捕獲活體長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠后,取 其尾尖為 DNA 提取材料。捕獲地及數(shù)量見表 1。

1.1.2 試劑

血液 / 細(xì)胞 / 組織基因組 DNA 提取 試劑盒 (天根生化科技有限公司),2×Taq PCR MasterMix 酶(天根生化科技有限公司),ddH2O,瓊 脂糖,1×TAE,30%聚丙烯酰胺(生工生物工程股份 有限公司),5×TBE,過硫酸銨,TEMED,GeStain 染 液(全式金有限公司),NaCl。

1.1.3 儀器

電熱恒溫水浴鍋(上海博訊實(shí)業(yè)有限公司醫(yī)療設(shè)備廠);微型高速離心機(jī) Centrifuge 5424 (北京伯樂生命科學(xué)發(fā)展有限公司);瓊脂糖凝膠電 泳槽(北京六一儀器廠);聚丙烯酰胺凝膠電泳槽(北 京六一儀器廠);凝膠成像系統(tǒng)(Alphalmager HP); G1000 基因擴(kuò)增儀(杭州博日科技有限公司);DNA 定量?jī)x NANODROP 2000(賽默飛世爾科技公司)。

1.2 試驗(yàn)方法

1.2.1 引物設(shè)計(jì)與合成

試驗(yàn)所采用的引物借鑒 了與長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠同屬的黑線倉(cāng)鼠 SSR 位點(diǎn)引物, 并由生工生物工程股份有限公司合成。具體序列以 及特點(diǎn)列于表 2。

1.2.2 長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠基因組DNA的提取

采集長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠尾尖作為 DNA 提取材料,用 DNA 提取試劑盒提取基因組 DNA。采用 1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)有目 標(biāo)條帶后,對(duì)其進(jìn)行定量分析。

2 結(jié)果與分析

1%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè) DNA 含量和質(zhì)量, DNA 提取結(jié)果經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳鑒定觀察結(jié)果如 圖 1 所示,質(zhì)量較好。經(jīng) DNA 定量分析,其濃度平 均達(dá)到 1.8 ng/μL,表明濃度足夠,符合進(jìn)行 SSR 位 點(diǎn)擴(kuò)增的試驗(yàn)要求。應(yīng)用與長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠同屬的黑線倉(cāng)鼠 SSR 引物擴(kuò) 增后的電泳結(jié)果顯示,引物 SSRf6 的擴(kuò)增結(jié) 果(F)不明顯,長(zhǎng)尾倉(cāng)鼠很可能不存在這一位點(diǎn),其 他 5 個(gè)位點(diǎn)表現(xiàn)的多態(tài)性都較好。

3 討論

非變性聚丙烯酰胺凝膠具有很高的分辨力,能 很好地分離小片段 DNA(5~500 bp),甚至可以分 離相差 1 bp 或分離單堿基突變所引起的不同片 段。但不同濃度會(huì)影響擴(kuò)增條帶的清晰度。本研究 為了確定分離片段所需最適聚丙烯酰胺的濃度進(jìn) 行了預(yù)試驗(yàn),分別測(cè)試了 8%,10%,12%的聚丙烯 酰胺凝膠,從預(yù)試驗(yàn)結(jié)果來看,8%的聚丙烯酰胺 凝膠帶型最整齊且雜帶少,便于觀察分析試驗(yàn)結(jié)果。

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